Просто, чтобы начали привыкать: это не бесплатный вопрос! Такие знания партнеры продают за деньги.
Одну шестую часть ответа скажу: завести забалансовый счет "Ввод начальных сальдо" и с него ввести остатки.
Наводка по поводу номенклатуры: надо расширять складские профили разноски. Определитесь сначала на бумажке, потом прочитайте туториал по логистике и вопрос сам снимется с бесплатного форума: либо вы все поймете, любо окончательно запутаетесь и созреете для консалтинга
Но Вы обязательно попробуйте сначала!