А что-бы сохранялся размер для всех форм, можно сделать так:
В методе Init() класса SysSetupFormRun и перед super() добавить такой код
X++:
if (this.form() && this.form().design())
this.form().design().saveSize(true);
super();
Если надо, можно привязать к настройкам для пользователя