[ppson]

Было такое как то
Проблема была еще в том что в одной счет-фактуре были как обычные товары (услуги), так и те которые условно говоря "перепродавались".
Для входящего НДС настроили налоговый код как включаемый в себестоимость.
Для клиента настроили налоговый код "прочий", проводки по налогу настроили по системным счетам (не балансовым).
Доработка счета фактуры была в только в доработке печатной формы для клиента, что бы данный налоговый код выводился в нужные графы.