Все эти модульные <что-то>Trans'ы обычно состоят в отношениях c LedgerTrans по полям Voucher и TransDate (на практике обычно достаточно одного Voucher). Можно попробовать сгруппировать обе таблицы отдельными запросами, вывести выборки, например, в Excel и там уже их сравнить.
SELECT'ы будут примерно такими:
Код:
select Voucher, AccountNum, sum(AmountMST)
from LedgerTrans
group by Voucher, AccountNum
where <некоторое разумное ограничение (по периоду, например)>
select Voucher, sum(AmountMST)
from CustTrans
group by Voucher
where <аналогичное разумное ограничение>
И дальше в Excel'е пытаемся приставлять друг к другу (сравнивать) суммарные AmountMST, выстроив выборки по возрастанию Voucher. Наверное, по выборке из LedgerTrans имеет смысл предварительно построить сводную таблицу со строками Voucher и столбцами AccountNum: один и тот же Voucher теперь не будет повторяться несколько раз и его можно будет приставить к уникальному Voucher из CustTrans.
P.S. Кстати, а процедура "Главная книга \ Периодические операции\ Пересчет данных по периодам" у вас давно последний раз запускалась? Если давно, то имеет смысл начать с нее перед погружением в утомительный анализ.