Думаю, "Иницилизировать платежи" - это самое то, что mazzy говорит, в зависимости от того, это журнал платежей клиентов или поставщиков, система пробегает по таблице открытых проводок клиентов или поставщиков, найдет связи с таблицами накладных, и просто берет те строки, которые срок оплаты удовлетворяет определенным условиям (которые мы определяем в форме "Предложение по оплате").
Именно поэтому я один раз слышал идею о том, что можно брать этот журнал и использовать эту фукнцию для того, чтобы создать журнал типа счетов к оплате, как средство для планирования. На самом деле мне эта идея не очень нравится. Но если кто захочет обсуждать данную тему, давайте в отдельной ветке
А то, что вы говорили, это средство для интеграции с внешними системами, скорее всего, клиент банк. Выбираем способ оплаты и выполняются кучи кодов которые есть в том классе, который настроены для данного способа оплаты на закладке Импорт - Экспорт. В системе есть несколько семейств классов которые работают с этим функционалом. Собственно, в них можем прописать разные алгоритмы интеграции с внешними системами.
В стандартном классе (уже не помню название), он ссылается на стандартный отчет в системе, который и есть платежное поручение.