Да вроде все очевидно из кода...
Заголовок счета-фактуры (factureJour) используется для наложения фильтра по плательщику.
X++:
factureJour.FactureId == factureTrans.FactureId
- связка со строками фактуры,
X++:
factureJour.Module == module
- фильтр по модулю (клиенты, поставщики etc),
X++:
factureJour.CustVendInvoiceAccount == this.InvoiceAccount
- фильтр по контрагенту.
Если нужно наложить фильтр по контрагенту, то это условие не лишнее, вот и весь пример. Т.е. вернется пустая запись, если данных по текущему контрагенту нет.