Во первых - сторно по ГК в закрытии склада было сделано в последних SP для 4ки и точно есть в 2009 с первого русского релиза. Как сделать для более древних версий - я писал вот здесь:
Пересчет себестоимости отгрузок
Мне кстати сильно не нравиться, как в стандартной версии локализаторы сделали. Вместо того чтобы записывать признак сторнирования в inventSettlement, они ухитрились добавить ДВА параметра в inventAdjustPost и поимели кучу головной боли с тем чтобы эти параметры рассовать по нужным классам. При этом из за того что в inventSettlement признак сторнирования не сохраняется - построить сверку ГК и данных логистики стало не возможным.
В общем - код утяжелили и мину под потенциально полезный партнерский функционал подложили...