Что-то я группу событий Perfomance в профайлере MS SQL 2005 не нашел...
Reads - показывает вполне ожидаемые значения коррелирующиеся с уже озвученным выводом. Не так идет чтение, как ожидается. Даже самим MS SQL.
Exists: Duration = 2260 Reads = 480454
Inner: Duration = 21 Reads = 105
"Чудесный" способ не повлиял никак. Т.е. вообще. Разница в пределах погрешности. Duration на 1 миллисекунду изменился.

Что, собственно, и следовало ожидать. Ведь речь идет не о парсинге на стороне Axapta, а о работе собственно сервера MS SQL. Ему-то какая разница в каком порядке расположены условия?
Насчет "плохо" выполнение по индексу - первый раз слышу. Я же привел цифру не времени выполнения, а стоимости этапа выполнения запроса. Поскольку основа запроса - это выборка по SalesLine - вполне естесственно, что стоимость именно этой операции будет самой высокой. Да, наверное стоит заметить, что у нас этот индекс сделан кластерным.
Насчет статистики могу сказать, что пока общее количество записей в таблице wmsBillOfLadingOrder несопоставимо меньше количества записей в SalesLine. Разница в несколько порядков.
Однако обсуждение плана выполнения запроса в среде Managment Studio - бессмысленно. Как я уже говорил, время выполнения обоих вариантов там сопоставимо и весьма быстро. Проблемы возникают именно при выполнении через хранимые процедуры. Т.е. надо смотреть какой там, внутри процедур, план выполнения.