Да, с первым запуском всегда так. 1-2 минуты, конечно, долго, но в целом объяснимо. На всякий случай: А какая у Вас конфигурация сервера?
Проверьте еще, что все компоненты AX обновлены до SP1: см. -
http://blogs.msdn.com/b/emeadaxsuppo...xtensions.aspx