если это не системные слои, тогда предлагаю попытаться сделать по следующему алгоритму:
1. Делаем backUp приложения.
2. Заходим в аху формируем проекты для каждого слоя, где есть объекты для переименования (создаем проект, в нем нажимаем на "воронку". в выборе указываем для поля utilLevel критерий нашего слоя).
3. Экспортируем проекты нужных слоев с сохранением Id.
4. В полученных файлах выполняем переименование.
5. В приложении удаляем (переносим в другое место) слои, которые экспортировали.
6. Заходим в аху по очереди в каждый слой, начиная с более глубокого (например если экспортировали usr и cus, тогда в начале зайдем под cus) и заливаем наш проект.
В итоге должны получить то же приложение, но с нормальными названиями.
P.S. конечно же это теоретическая идея, не исключаю что на практике такое невозмжно
