В Hotfix Rollup 4 появилась возможность отображать дополнительную детализацию сальдо (свернутое, развернутое) при построении ОСВ по клиентам/поставщикам - это как раз позволяет отслеживать открытый баланс по документам с учетом сопоставлений.
Это если я Вас правильно понял.
Если же неправильно - то в системе нет иного способа закрыть баланс по накладной платежом, тем более, если профили разноски отличаются, кроме как сопоставив их.