Спасибо за информацию.
Похоже все оказалось проще. По всей видимости необходимо чтобы поле по которому производится партицирование (в моем случае InventTrans.CreatedDateTime) входило в первичный ключ этой таблицы InventTrans. Как только я его добавил - синхронизация выполнилась без ошибок.
И что самое удивительное - партицирование таблицы после синхронизации Аксаптой осталось неизменным (я почему-то ожидал что оно будет снесено
). И добавление нового поля в Аксапте на партицированную таблицу и последующая синхронизация также не вызывает никаких проблем. Похоже все работает.