В 3.0 и 4.0 было четкое ощущение, что откомпилированный код сохраняется в *.aod-файлах. Собственно - сам откомпилированный код можно увидеть в таблице UtilElements в поле Code. Точнее можно увидеть, что это BLOB-поле

.
Когда обновляли версию слоями - то было все ок.
В 2009 обратил внимание на то, что после обновления слоем - возникает потребность в перекомпиляции слоя. Не знаю почему - но факт. Отсюда вывод - все же что-то в индексах хранится в 2009