Дошли руки до этой проблемы:
- картинки для отображения на портале, где отображается значок компании, можно выкладывать в папку
C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Web Server Extensions\14\TEMPLATE\LAYOUTS\ep\images, далее, заходим на портал
Действия сайта\Параметры сайта\Название описание и значок, в поле
URL-адрес картинки вводим
/_layouts/ep/images/your_logo.jpg
- axUpdatePortal.exe починил путем подмены сборки в директории
C:\Program Files\Microsoft Dynamics AX\50\Setup (не GAC, там ее нет)
Microsoft.Dynamics.Framework.Deployment.Portal.dll на такую же из KB2278963
