[fed]

Не надо править код закрытия. Надо использовать номер возвращаемого лота. (Указывается где-то в строках заказа и копируется при разноске в складскую проводку - inventTrans.inventTransIdReturn).
Закрытие/пересчет склада по данной номенклатуре начинается с того, что система пробегает по всем незакрытым приходным проводкам с непустым значением в этом поле, рассчитывает себестоимость штуки по лоту расхода, на который данный лот прихода ссылается и переоценивает лот прихода). Этот механизм, в определенной степени противоположен маркировке. Маркировка позволяет обойти механизм закрытия и приравнять стоимость конкретного расхода стоимости конкретного прихода; Лот возврата позволяет приравнять себестоимость прихода себестоимости конкретного расхода. При этом дата возвращаемого заказа не берется во внимание. Даже если у вас возвращен заказ трехлетней давности, система все равно полезет в старые закрытые списания, посчитает их себестоимость и переоценит приход в соответствии с этой себестоимостью.
Так что просто проследите что этот лот в возвратах по заказам указан и все будет хорошо. Можете даже попытаться его джобиком подправить для конкретного разнесенного заказа, раз вовремя не указали. С большой вероятностью - закрытие эту правку корректно отработает...