Никаких граблей быть не должно.
Операция череповата только лазаньем по сиквелу
То есть, если в базе есть данные, мы фактически должны поменять dataareaid у всех старых записей на dataareaid виртуальной компании. Лезем в базу и редактируем. Даже если в 2 компаниях есть данные. Проблемы будут, если есть связка по RecId.
Правда, если учесть, что до будущего сервиспака сервер приложений скорее всего сам не догадается новые данные принять к действию, его бывает полезно иногда при этом перезапустить, этакое промывание мозгов. Говорят, есть к этому патч на сервере Навижн и для нынешней версии.