1. Устранить глюк: нельзя работать (расчет цены, контроль цикличности и др. операции) со спецификацией больше 15 уровней.
2. Для проектного производства - необходима связь производственных и проектных модулей. Т.е. если производство является частью проекта (куда еще входят конструкторские работы, испытания и др.), и если сборка отдельных узлов является отдельными работами в проекте, то хотелось бы, чтобы при завершении производственных заказов автоматически менялся статус работ в проекте. Это необходимо для удобства отслеживания хода выполнения проекта.
3. Часто одна и та же деталь может поступать в сборочный цех из разных цехов. Однако склад пополнения можно указать только один

4. Про версии спецификации: хотелось бы, чтобы разные версии могли иметь разный состав компонентов
5. Для многоуровневых спецификаций необходимо доработать механизм зависимостей между выбором компонент в разных местах дерева, а также параметрическое задание количеств компонент в разных местах и уровнях дерева в зависимости от вводимого пользователем параметра. (Может эти проблемы решает Product Builder? Не знаю, конфигурирует ли он сразу многоуровневую спецификацию.)
6. Больше готовых отчетов: красивых и разных. В основном заказчиков волнует два момента: 1) отслеживать прохождение заказов. Т.е. отчет типа изделие-заказ-сколько уже закуплено материалов % - сколько произведено узлов %. 2) Информация в разрезе цехов: квартальные, месячные планы производства, отчеты план-факт по выполнению планов, по затратам.