У меня была та же проблема.
Пользователь срубает своего клиента Аксапта через CTRL+ALT+DEL, но его сессия в базе остается и процесс молотит свое черное дело..
Как правило это были отчеты с "неверно" выбранными сходными параметрами\условиями или слишком тяжетые и т.п.
Пользователь не дождавшись окончания часто срубал своего клиента через диспетчер задач и запускал ТО ЖЕ САМОЕ повторно, и так до пары-тройки раз доходило.
На сервере SQL просто кошмар творился в это время. Меня искали днем с прожекторами чтобы я что-нибудь сделал.
Я долго ругался, писал и пользователям и их руководителям подразделений.. что делать можно и что делать нельзя.
Решение данной проблемы на данный момент такое - чисто организационное: если пользователь желает остановить обработку данных долго "зависшей" Аксапты, он пишет мне в почту или звонит, я срубаю его сессию через форму "Активные пользователи".
Иногда, пока пользователь пишет письмо или дозванивается - уже все нормально отрабатывает.
Иногда это не прокатывает и приходится убивать процесс на SQL сервере через EnterpriceManager.
Иногда сессия остается отображаться в окне "Активные пользователи" (только отображаться, такого процесса на сервере уже нет) и не убивается, - помогает только рестарт AOS (делаю по планировщику раз в неделю, для профилактики).