Да, стандартный функционал к сожалению не подходит.
Проверил в разрезе Договора с несколькими Счетами продаж.
У каждого Счета свой Цетр Затрат.
Включил галку Клиент -> Карточка -> Оплата -> "Метод применения" -> Автоматический.
При Учете Оплат из Журнала Оплат Клиента после Учет -> Учет система ругается
на неверный Центр Затрат, если он не соответствует первому Счету в Договоре Клиента
по порядку (хотя счет с таким Центром Затрат есть, просто он не первый).
Т.е. все как вы и говорили, автоматическое применение идет "тупо" по порядку
Счетов Продаж, что не всегда подходит.
Придется все таки кодить
И на счет "поиграться" с периодическими заданиями мысль хорошая, да будет на
то отмашка руководства