Цитата:
дак вопрос то был про одни методы, но на разных слоях.
Ах про одни методы
Ну тогда, описанное Вами поведение не идет в разрез с документацией. При экспорте класса/таблицы экспортируются модифицированные методы (в случае, если мы экспортируем определенный слой).
При импорте файла, он импортируется ВЕСЬ. Естественно при этом полностью перетирается этот метод на другом слое. Merge Axapta сама не делает. Но Вы можете при импорте сравнить xpo файл со слоем и сделать этот merge ручками.