Проверьте следующие настройки:
1 . ГК/Настройки/Параметры
закладка Налоги
Метод расчета должен быть СТРОКА
раздел Накладная
Налог по каждой строке метка должна быть АКТИВНА
Расчитывать налог целиком должно быть НЕАКТИВНО
2 . ГК/Настройки/Налоги/Налоговые коды закладка Расчет
Основание должно быть ПРОЦЕНТ ОТ ЧИСТОЙ СУММЫ
Основа для расчета должно быть ЧИСТАЯ СУММА ЦЕЛИКОМ
Метод расчета должен быть СУММА ЦЕЛИКОМ
При правильном задании НГ и НГН все должно получиться
Удачи !