Вы, абсолютны правы.
Обрисовываю ситуацию, как ее удидел.
1. Создайте Договор на операцию на общую сумму.
2. Создайте Закупку с комиссионным товаром по Договору.
3. Создайте Заказ на новый товар (ручками указите ссылку на Закупку) по договору.
4. В Договорах есть кнопочка - Обороты по договору - с двумя полями - Расход/Приход. Вся информация в одном окне.
5. Оплаты сопоставляйте ручками. Сами от этого не отказывались