Вы наверняка используете команду запуска
http://axapta.mazzy.ru/hints/startupcmd/#Batch
У команды batch, насколько я помню нет параметров.
Но эта команда, насколько я помню, вспоминает последнюю запущенную группу и запускает ее же.
Если хотите вмешаться в это поведение, модифицируйте класс
SysStartupCmdBatchRun.infoRun