Наверное я чего то не понимаю
"... Ликвидация проекта (подразделения в проектной структуре) нелья привязать к определенному временному моменту, т.е. это надо отслеживать вручную. ..."
А как провести порцедуру ликвидации? - активный / неактивный?
"... Сотрудников так же увольнять вручную. ..."
В матричной тоже надо увольнять вручную - по "Увольнение" автоматического увольнения с матричной структуры не присходить, с линейной происходит. Или смысл в другом?