Я так понимаю, когда Вы делаете перепоставку - действия по дополнительному количеству товара точно определены - необходимо сделать дополнительные складские проводки и система их делает. А в случае недопоставки - возможны варианты - остаток по накладной может быть обработан второй накладной или отсторнирован. Кроме того, сторнировка в Вашем случае не должна увеличивать складские остатки, что создает еще один вариант развития событий
Насчет отходов - при отметке этой галочки программа не создает складских проводок по отмеченной позиции. Но для Вас это не подходит, т.к. она работает только для тех строк, по которым не была обработана отборочная накладная.
P.S. Быть может все-таки синхронизировать весы? Или найти организационное решение проблемы?