Да, меняется.
Синхронизация с установленным KR добавляет поле RecVersion для всех таблиц.
О поле RecVersion аксапта без KR ничего не знает, поэтому синхронизация без KR удаляет это поле.
На днях "игрался" на тестовом сервере с SP5 (боевой - Ax 3.0.SP3 CU1).
Заметил, на обновленной с SP3 CU1 Axapta до SP5 у всех таблиц появилось поле RecVersion.
Я думал поддержка SQL 2005 появилась после SP5..