Агентский НДС. Формирование двух или Трёх фактур

[Вельмесь]

Друзья, доброго дня.
Настраиваем Агентский НДС и столкнулись с тем, что может создаваться как 2, так и три фактуры. Начисление НДС производится из собственных средств.

1) Три фактуры. Создаются в том случае, если оплата поставщику создана на основании накладной через предложение по оплате. Т.е. мы имеем по проводке оплаты поставщику 2 фактуры "Налоговый агент - начислено" и одну фактуру по оплате в налоговый орган - "налоговый агент уплачено".

2) Две фактуры. Создаются в случае авансового платежа. Т.е. оплата поставщику создана руками в журнале платежей и не связана с накладной.
т.е. получается одна фактура "налоговый агент - начислено" по оплате поставщику и одна - налоговый агент - уплачено, при оплате в налоговый орган.

Быть может кто то сталкивался с тем, что создаются 3 фактуры и знает почему это происходит? Если верить мануалу, должно быть 2 фактуры.